菠蘿蛋白酶又稱菠蘿酶。由菠蘿汁、皮等提取的巰基蛋白酶。淺黃色無定形粉末，微有特異臭酶活性受重金屬抑制。略溶于水，不溶于乙醇、丙酮、氯仿和乙醚。它優先水解堿性氨基酸(例如精氨酸)或芳香族氨基酸(例如苯丙氨酸、酪氨酸)的羧基側上的肽鏈，選擇性水解纖維蛋白，可分解肌纖維，而對纖維蛋白原作用微弱。可用于啤酒澄清、藥用助消化和抗炎消腫。
菠蘿蛋白酶水解蛋白質的能力很強，因此其用途廣泛。工業上用于皮革脫毛、蠶繭脫膠、肉類軟化、明膠制造、啤酒澄清等。特別在醫療上，用于治療水腫及多種炎癥效果很好。
工藝流程：
1．榨汁過濾
先將新鮮、無腐爛、發酵菠蘿充分清洗干凈 ，果皮削下后，應保持清潔衛生，避免榨汁前洗滌果皮。用螺旋式榨汁機榨汁。過濾后的果汁流入貯汁池。菠蘿汁越清越好。
2．吸附
用不銹鋼泵把果汁從貯汁池抽到吸附桶，撈去上層泡沫。用高嶺土吸附。
3．洗脫
將殘留下的高嶺土吸附混合物，調PH，洗脫。準備壓濾。
4．壓濾
壓濾時加入3～5kg經水洗殘糖及其它雜質的蔗渣，以起助濾作用。操作時應控制適當的過濾壓力及供液閥門大小，要求濾液澄清透明，如發現混濁時，應倒回重壓．終過濾壓力不超過784532Pa。如發現壓濾困難時，需及時拆洗，以防積壓。
6．鹽析
以上洗脫并經過濾的溶液，應邊濾邊分批在小陶瓷容器內進行鹽析，嚴防積壓。收集鹽析物，得酶的粗品。
7．溶解
將粗品放入另一陶瓷容器中，加入10倍的水，用16%的氫氧化鈉溶液調節pH值至7.0～7.5，攪拌使其溶解 ，然后過濾，收集濾液。
8．沉淀、離心分離
于離心機上分出沉淀物（酶糊），棄去離心液。
9．冷凍、干燥
將酶糊迅速送至-12℃以下的冷庫進行凍結或貯藏。酶糊經過凍結，不僅對酶的活力無影響，且能加速脫水干燥。干燥時要求溫度低且時間短的條件，好采用冷凍升華干燥。
10．磨碎、調整、包裝
干燥的酶用小球磨機磨碎，球磨時間不超過2.5h。對磨好的干酶，在薄膜袋內用20目的尼龍篩篩分一次，粗粒再粉碎過篩。
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